最も大きな違いは在留期間の上限の有無です。特定技能1号は通算上限5年ですが、特定技能2号は在留期間の制限なしに日本に在留することが可能です。更新期間も異なり、特定技能1号は最大1年毎の更新になりますが、特定技能2号では最大3年毎の更新になります。

特定技能1号は永住権の取得をすることが出来ませんが、特定技能2号は条件を満たせば取得できる可能性があります。永住権の申請要件の1つに「10年間の在留が必要」とありますが、技能実習最大5年間と特定技能1号最大5年間を合わせた10年間の在留はこの要件の対象外となります。

ですが、特定技能2号には在留期間に上限がありません。従って特定技能2号取得後10年間在留して就労することで永住権を取得する条件を1つ満たすことになります。

特定技能1号は家族と一緒に暮らすことができませんので、日本で就労する場合は単身赴任で働くことになりますが、特定技能2号は家族を連れて在留することが可能です。帯同が認められるのは配偶者と子供のみですので、その他祖父母などの親族を帯同することはできません。

特定技能1号と特定技能2号の技能水準はどちらも試験等により確認をしますが、当然特定技能2号の方が高い技能水準を必要とします。特定技能1号は特定産業分野に関する相当程度の知識や経験が必要であることに対し、特定技能2号はより熟練した技能水準が必要です。例えば建設分野であれば、他の建設技能者を指導したり工程を管理するなどの指導経験が求められます。

特定技能1号では日本語能力を測る試験に合格しなければなりませんが（技能実習2号を良好に修了した場合は免除）、特定技能2号では試験での日本語能力の確認が不要となっています。とはいえ、技能試験に必要な日本語能力はおおよそN2相当と言われています。

特定技能1号では、登録支援機関が外国人を支援するか受入機関が支援するかのどちらかが必須になります。過去2年間外国人社員が在籍していない場合は登録支援機関への支援を委託しなければなりません。ですが、特定技能2号では外国人支援は不要となります。